Résumé: Nous sommes en 2035, une épidémie a poussé les hommes à se réfugier sous terre. Cette épidémie s'est déclarée en 1997 et les grands savants tentent de renvoyer quelqu'un à cette époque pour savoir comment cette épidémie a contaminé le globe. James Cole (BW), prisonnier connu pour son entêtement, est choisi pour exécuter cette tâche. Après quelques ratés, il se retrouve finalement en 1996. Il est bien entendu pris pour un fou et est envoyé à l'asile sous les conseils de sa psychologue, Kathryn Railly (MS). Il y rencontre Jeffrey Goines (BP), un débile qui va d'ailleurs l'aider à s'échapper. Il est sur la piste de l'armée des 12 singes, association soupçonnée d'avoir répandu le virus. Il est finalement aidé par Kathryn qui a compris qu'il disait la vérité. Ils découvrent finalement que l'armée de 12 singes n'est qu'une association d'écolos dirigée par Goines.